Bahan- bahan organik yang digunakan membuat eco enzyme pada percobaan pertama siswa selain dari kulit buah yang mereka dibawa dari rumah mereka juga memanfaatkan tanaman sayuran yang berada di lingkungan sekolah seperti daun kelor, daun pepaya dan daun singkong. Dalam membuat eco enzyme pemilihan bahan sangatlah penting harus segar, bersih, dan tentunya tidak melalui proses pematangan.