Pembangunan dihentikan pada tahun 1178, hanya lima tahun setelah dimulai, karena masalah struktural yang timbul akibat fondasi yang dangkal. Tiga lapis fondasi pertama selesai, namun tanah yang tidak stabil, berupa lempung dan endapan lumpur, membuat fondasi itu tidak cukup kuat untuk menopang beban besar menara. Tanah yang lunak di bawahnya menyebabkan pergeseran yang membuat menara mulai miring.

Setelah hampir seratus tahun terhenti, pembangunan menara kembali dilanjutkan pada tahun 1272 oleh arsitek Giovanni di Simone. Namun, meski sudah ada upaya perbaikan, masalah kemiringan menara tidak bisa dihindari. Fondasi yang hanya ditanam sekitar tiga meter di bawah permukaan tanah tetap menjadi kelemahan utama. Pada akhirnya, pada tahun 1372, menara ini selesai dengan pemasangan lantai terakhir dan lonceng-loncengnya, meskipun kemiringannya sudah sangat terlihat.

Menara Pisa yang miring kini menjadi simbol keindahan dan keunikan, sekaligus pengingat akan ketahanan dan daya tahan struktur yang meskipun dibangun di atas tanah yang tidak ideal, tetap mampu berdiri kokoh hingga berabad-abad. Keberanian para arsitek dan pekerja dalam menghadapi tantangan tersebut menjadikan Menara Pisa lebih dari sekadar bangunan, tetapi juga bagian tak terpisahkan dari sejarah dunia.